6. Най-ценният експонат в църковно-историческия музей към манастира е забележителният Рилски кръст, двустранно разпятие, което брат Рафаел резбовал между 1790 и 1802. На него са гравирани в миниатюра 140 библейски сцени и надписи и близо 650 човешки фигури. След изработването му и дългите години взиране в детайлите брат Рафаел изгубил зрението си. В музея могат да се видят предмети, свързани с историята на Рилската света обител.